Полагают, что родоначальником варгана был лук, появившийся в доисторические времена, в эпоху мезолита, приблизительно 9–12 тысяч лет назад. Человеку было достаточно упереть один конец лука себе в нёбо или в зубы, а другой в землю, и смертоносное орудие превращалось в музыкальный инструмент, на котором играли ударяя пальцами или палочками по тетиве (традиция игры на тетиве, зажимаемой зубами и пальцами ног, сохранилась до наших дней у некоторых племен Центральной Америки). Но вряд ли стоит считать лук прототипом современного варгана, так как разновидность варгана была обнаружена и в Австралии, где аборигены лука не знали вообще.

Во времена сталинизма варган был запрещен как вредный пережиток прошлого, в частности из-за его тесной связи с шаманизмом. Несмотря на это, старшие поколения сумели сохранить традиции игры на варгане и передать их своим детям и внукам. В конце 1960-х — начале 1970-х годов интерес к варганной музыке вновь стал расти, что было связано с начавшимся процессом возрождения этнических культур, с новыми увлечениями эзотеризмом, шаманизмом, со стремлением слышать естественные звуки природы. Наконец, в разных странах сейчас развивается интерес к аутентичности исполнения — в том числе и народной музыки, как западной, так и восточной.

К концу XIX века искусство варганной игры потеряло свою актуальность, и в начале ХХ века дугообразный варган исчез с европейской музыкальной сцены. Это было вызвано рядом объективных причин. Еще в начале XIX века немец И.-Г. Шайблер создал на основе варгана профессиональный концертный инструмент, получивший название „аура“ (от греч. aura дуновение),— он состоял из нескольких варганов, закрепленных на металлическом диске, и имел хроматический звукоряд; на ауре можно было играть даже произведения классического репертуара, однако она не получила особой популярности. В 1821 году немецкий мастер Фридрих Бушман из нескольких маленьких варганов, настроенных на разную высоту звучания, сконструировал первую губную гармонику. Карманный инструмент покорил сердца европейцев. Ну а когда губную гармонику снабдили мехами, миру предстали аккордеон и баян. Эти инструменты стали пользоваться огромным успехом, а варган был предан забвению.

Прогресс в области коммуникационных технологий и техники звукопередачи в 1990-х годах обеспечил развитие интенсивного обмена информацией и мнениями по электронной почте между варганистами и поклонниками варгана во всем мире. Помимо этого, возникли совершенно новые отношения между варганной и современной электронной музыкой. Восхищение игрой на варгане проходит через все времена и страны, варганная музыка пронизывает все музыкальные стили. Современные варганисты склонны не только к виртуозным импровизациям — многие занимаются интереснейшими экспериментами, связанными с авангардной и обертоновой музыкой. Одни музыканты привлекают слушателя гармонией ансамблевой игры, другие — „электронным“ звучанием варгана, участвующего в традиционных национальных музыкальных представлениях. Однако, что бы ни исполнялось, всегда есть нечто общее: завораживающие звуки варгана создают необыкновенную атмосферу, в которой прошлое встречается с будущим.